Keunggulan proses belajar mengajar mengajar di Pondok Pesantren Modern Nurul Hakim ialah penguatan Bahasas Arab, Bahasa Inggris, Tahfidz Al-Qur’an, praktek sains dan teknologi serta kegiatan ekstra kurikuler yang membina kepribadian mandiri.

Untuk mencapai target ini, digunakan Bahasa Arab dan Bahasa Inggris dalam percakapan sehari-hari, pemanfaatan buku-buku, majalah dan kaset yang menggunakan kedua bahasa tersebut. Berkaitan dengan Tahfidz Al-Qur’an, santri/wati dibimbing oleh seorang hafidz.

Pemanfaatan sains dan teknologi, santri/wati diajarkan komputer, baik software dan hardware, Pencak Silat (SMI), Pramuka, OSNH, Theater dan kegiatan-kegiatan agama lainnya merupakan kegiatan ekstra kulikuler yang diprioritaskan bagi santri/wati.